亚洲成人网址 孟德尔立时化R包TwoSampleMR安设教程并开拓token

公共好亚洲成人网址，我是邓飞，今天先容一下TwoSampleMR包奈何开拓token，从而不错使用数据库的数据进行孟德尔立时化的分析。

1，安设TwoSampleMR包

这个包在github上头，之前流行用devtools包安设github上的R包，然而devtools自身就特别难安设，好在现时有了 remotes包，这个包相比好安设，进而github上头的包也相比好安设了。

# install.packages("remotes")library(remotes)install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

将上头的代码贴到Rstudio中扩充，就不错了。要是走漏莫得 remote包，就把防卫去掉，再启动就行了。

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2， 启动MR示例数据

library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP， outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Perform MR

然后发现报错了：

> library(TwoSampleMR)TwoSampleMR version 0.6.8 载入程辑包：'TwoSampleMR’The following object is masked from 'package:remotes’:    add_metadata> # List available GWASs> ao <- available_outcomes()Error in `dplyr::bind_rows()`:! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.

报错的信息是：Error in dplyr::bind_rows():! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.

看起来是dplyr的错，其实不是，赓续启动望望能不可读取ieu的数据：

> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')

现时的报错信息是：> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零

忧伤，要是你认为我方是R话语大神，思从R话语包安设的角度，包突破的角度去解决问题，临了很大可能是 砸电脑！！！

正确的解决顺次，是稽查官网，要是你把报错信息贴到网上头，大略率亦然找不到谜底，因为之前TwoSampleMR还莫得这个问题，网上的东西是相互抄，垃圾信息满天飞，第一手府上弥远是官网。

https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html

内部有一句话：

From 1st May 2024， most queries to the OpenGWAS API will require user authentication. For more information on why this is necessary， see this [blog post](https://blog.opengwas.io/posts/user-auth-spring-2024/).

从2024年5月1号，TwoSampleMR包需要开拓token之后，才不错探访数据库，是以，底下等于奈何开拓token的问题了。

3，TwoSampleMR开拓token

官方保举决策：

A：更新你的R包

Please update your TwoSampleMR and ieugwasr packages - you can use the following command to do this.

install.packages("TwoSampleMR"， repos = c("https://mrcieu.r-universe.dev"， "https://cran.r-project.org"))

B：开拓token

Then you need to obtain an OPENGWAS_JWT token - see the ieugwasr documentation https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html - and store it in your .Renviron file - then restart R.

Login to https://api.opengwas.io/profile/

Generate a new token

Add OPENGWAS_JWT=<token> to your .Renviron file. This file could be either in your home directory or in the working directory of your R session. You can check the location of your .Renviron file by running Sys.getenv("R_ENVIRON_USER") in R.

Restart your R session

To check that your token is being recognised， run [ieugwasr::get_opengwas_jwt()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/get_opengwas_jwt.html). If it returns a long random string then you are authenticated.

To check that your token is working， run [user()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/user.html). It will make a request to the API for your user information using your token. It should return a list with your user information. If it returns an error， then your token is not working.

底下，我将上头的圭臬，联接我我方的得胜操作历程，先容一下，随着我的圭臬，你也详情能管束啦！

3.1 登录opengwas，注册一下

登录注册，用github账号，https://api.opengwas.io/profile/

3.2 创建token

按照底下的截图就能管束。

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把token复制一下。

3.3 在R话语中检测是否有token

要是之前莫得开拓过，详情是莫得的。

 Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")

我的复返效用：

> Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")[1] ""

不错看到，莫得开拓。

黑丝捆绑

那就需要在文档文献夹中，新建一个.Renviron文献

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3.4 把token放到新建的.Renviron文献中

OPENGWAS_JWT="这里粘贴你的token"
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3.5 重启R话语（必须）

重启R话语，然后键入底下代码，测试token是否开拓得胜：

## 测试token是否灵验library(ieugwasr)user()

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不错看到个东说念主的信息，就开拓得胜了。

4. 测试MR示例数据

library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP， outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Perform MRres <- mr(dat)

启动效用：

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作图效用：

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这就管束了亚洲成人网址。

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